ДНК-узнающие ферменты

Нами обнаружен бактериальный штамм Paracoccus species 12, который является продуцентом новой эндонуклеазы рестрикции, названной PecI. Этот фермент узнает шестинуклеотидную палиндромную последовательность ДНК 5’-TTA^TAA-3’ и расщепляет ее с образованием «тупых» концов, как показано стрелкой. Таким образом, PecI является истинным изошизомером рестриктазы PsiI . Препарат эндонуклеазы рестрикции PecI с концентрацией 10000 ед/мл был получен путем очистки в четыре хроматографические стадии. Оптимальными условиями реакции фермента являются SE-буфер 5 (Y) (33 мМ Трис-ацетат (pH 7.9), 10 мМ Mg-ацетат, 66 мМ K-ацетат, 1 mM ДТТ) и температура 37oС.

ПЦР в реальном времени с использованием TaqMan зонда (ПЦР РВ) является одним из основных методов анализа структуры ДНК человека и широко используется в медицине. В данной работе проводили ПЦР РВ 4-х фрагментов геномной ДНК человека (chr1: 90717178-90717300, chr9: 97464604-97464756, chr11: 65647215-65647307, chr17: 4560027-4560175), используя в качестве матрицы препараты ДНК из крови человека, полученные как стандартным методом фенольной депротеинизации, так и выделенные на колонках. В ПЦР использовались как препараты исходной ДНК, так и после ее обработки рестриктазой, выщепляющей амплифицируемый фрагмент. В случае препаратов нативной ДНК, очищенных на колонках, ПЦР на 3-х из 4-х фрагментов ДНК дает завышенное значение Cq. В случае фенольной очистки завышенное значение Cq для препаратов нативной ДНК получается для 2-х из 4-х фрагментов ДНК. В случае препаратов ДНК, полученных после очистки на колонке, обработка ДНК эндонуклеазой рестрикции, вырезающей амплифицируемый фрагмент,…