Нами обнаружен бактериальный штамм Peribacillus species 31, который является продуцентом новой эндонуклеазы рестрикции, названной Pse31I. Фермент узнает шестинуклеотидную непалиндромную последовательность ДНК 5’-GGTCTC-3’и расщепляет ее в стороне от сайта узнавания в позициях 1/5: 5’-GGTCTC(N)1^/3’-CCAGAG(N)5^-5’. Таким образом, Pse31I является истинным изошизомером рестриктазы Eco31I . Штамм-продуцент идентифицировали по морфологическим и биохимическим признакам, а также по анализу первичной структуры фрагмента гена 16S рРНК. Pse31I имеет максимальную активность при 37°С и инактивируется инкубацией при 55 и 65°С. Фермент не расщепляет сайты с метилированным цитозином в верхней цепи (5’-GGTCT(5mC)-3’) и/или в нижней цепи (3’-(5mС)CAGAG). Оптимальными условиями работы фермента являются SE-буфер 5 (Y) (33 мМ Трис-ацетат (pH 7,9), 10 мМ Mg-ацетат, 66 мМ K-ацетат, 1 мМ ДТТ) и температура 37°С

Нами обнаружен бактериальный штамм Paracoccus species 12, который является продуцентом новой эндонуклеазы рестрикции, названной PecI. Этот фермент узнает шестинуклеотидную палиндромную последовательность ДНК 5’-TTA^TAA-3’ и расщепляет ее с образованием «тупых» концов, как показано стрелкой. Таким образом, PecI является истинным изошизомером рестриктазы PsiI . Препарат эндонуклеазы рестрикции PecI с концентрацией 10000 ед/мл был получен путем очистки в четыре хроматографические стадии. Оптимальными условиями реакции фермента являются SE-буфер 5 (Y) (33 мМ Трис-ацетат (pH 7.9), 10 мМ Mg-ацетат, 66 мМ K-ацетат, 1 mM ДТТ) и температура 37oС.

ПЦР в реальном времени с использованием TaqMan зонда (ПЦР РВ) является одним из основных методов анализа структуры ДНК человека и широко используется в медицине. В данной работе проводили ПЦР РВ 4-х фрагментов геномной ДНК человека (chr1: 90717178-90717300, chr9: 97464604-97464756, chr11: 65647215-65647307, chr17: 4560027-4560175), используя в качестве матрицы препараты ДНК из крови человека, полученные как стандартным методом фенольной депротеинизации, так и выделенные на колонках. В ПЦР использовались как препараты исходной ДНК, так и после ее обработки рестриктазой, выщепляющей амплифицируемый фрагмент. В случае препаратов нативной ДНК, очищенных на колонках, ПЦР на 3-х из 4-х фрагментов ДНК дает завышенное значение Cq. В случае фенольной очистки завышенное значение Cq для препаратов нативной ДНК получается для 2-х из 4-х фрагментов ДНК. В случае препаратов ДНК, полученных после очистки на колонке, обработка ДНК эндонуклеазой рестрикции, вырезающей амплифицируемый фрагмент, приводит к получению нормальных значений Cq для всех четырех анализируемых фрагментов ДНК. Таким образом, ПЦР РВ с нативной ДНК, полученной очисткой на колонках, может давать завышение Cq, которое снимается, если предварительно провести гидролиз ДНК рестриктазой, выщепляющей ампликон.

В настоящей работе описано клонирование сайт-специфической метилзависимой ДНК-эндонуклеазы GlaI и проведено сравнение субстратной специфичности рекомбинантного и нативного ферментов. Проведённый анализ свойств рекомбинантной эндонуклеазы GlaI показал, что субстратная специфичность нативного и рекомбинантного фермента не отличаются, но, ввиду большего количества фермента в рекомбинантном штамме, его концентрация в конечном препарате более чем в 10 раз превышает концентрацию нативного фермента

Выделенный нами из природных изолятов бактериальный штамм Lysinibacillus manganicus An22 является продуцентом эндонуклеазы рестрикции LmnI, узнающей непалиндромную последовательность ДНК 5’-GCTCC-3’/3’-CGAGG-5’. Данная последовательность представляет собой новый прототип сайтов узнавания рестриктаз. Препарат эндонуклеазы рестрикции LmnI с концентрацией 1000 ед/мл был получен путем очистки в четыре хроматографические стадии. Показано, что новый фермент гидролизует ДНК с образованием 3’-выступающих “липких” двухнуклеотидных концов как показано стрелками - 5’-GCTCCN↓-3’/3’-CGAG↑GN-5’, и относится к подтипу IIS эндонуклеаз рестрикции.